Vrcholným soudním orgánem ve věcech patřících do pravomoci soudů ve správním řízení je Nejvyšší správní soud se sídlem v Brně.
Řízení ve věcech soudů ve správním souzení je jednoinstanční, první instanci zajišťují v některých případech krajské soudy.
Nejvyšší správní soud dbá o zákonnost a jednotu rozhodování krajských soudů a správních orgánů tím, že rozhoduje o kasačních stížnostech směřujících proti pravomocným rozhodnutím krajských soudů ve správním soudnictví. Tato ochrana proti nezákonným rozhodnutím správního orgánu je dále nově doplněna o ochranu před jeho nečinností a před nezákonnými zásahy správního orgánu.
Nejvyšší správní soud dále rozhoduje ve věcech volebních, ve věcech rozpuštění politických stran a politických hnutí, pozastavení nebo znovuobnovení jejich činnosti a o zrušení opatření obecné povahy nebo jeho části pro rozpor se zákonem. Do pravomoci Nejvyššího správního soudu patří rovněž rozhodování některých kladných nebo záporných kompetenčních sporů mezi orgány veřejné správy.
Mimoprocesní prostředky k zajištění jednoty a zákonnosti rozhodování soudů ve správním soudnictví jsou stanoviska, zaujímaná kolegii či plénem Nejvyššího správního soudu. K zajištění jednoty rozhodovací činnosti Nejvyššího správního soudu pak může rozšířený senát tohoto soudu přijímat zásadní usnesení.
Úlohou správního soudnictví je poskytování ochrany veřejným subjektivním právům fyzických a právnických osob.
Správní soudnictví má u nás již svou tradici, k obnově správního soudnictví, potlačeného po roce 1948, došlo již v roce 1991 (Listinou základních práv a svobod). Procesní úprava, tehdy účinná od roku 1992, však byla přijata s některými nedostatky a záhy se dostala částečně do rozporu s mezinárodněprávními závazky. Několik pokusů o reformu řízení před správními soudy z devadesátých let však neskončilo přijetím právních předpisů. Novou úpravu nakonec významně podpořil Ústavní soud, který svým nálezem z června 2001 (č. 276/2001 Sb.) zrušil dosavadní právní úpravu s účinností k 1. lednu 2003, tím se otevřela cesta k parlamentnímu prosazení - v té době již prakticky připravených - tří nových zákonů, které novou úpravu legislativně založily.
Jde o zákon č. 150/2002 Sb., soudní řád správní (v textu jen "s.ř.s."), doprovodný zákon č. 151/2002 Sb., kterým se mění některé zákony v souvislosti s přijetím soudního řádu správního, zákon č. 131/2002 Sb., o rozhodování některých kompetenčních sporů
Základním a tradičním typem ochrany je žaloba proti nezákonnému rozhodnutí. Podat ji může ten, kdo tvrdí, že byl na svém právu zkrácen rozhodnutím správního orgánu. Žalobce se v těchto případech domáhá toho, aby takové rozhodnutí bylo zrušeno. Ten, kdo byl potrestán za správní delikt (například za přestupek, ale také za jiný správní delikt), včetně kázeňského potrestání) a má za to, že uložený trest je zjevně nepřiměřený, může žádat namísto toho, aby uložený trest byl zmírněn nebo od něj bylo upuštěno.
Jednou ze základních podmínek žaloby je to, aby žalobce před tím, než se obrátí na soud, vyčerpal možnost podat řádný opravný prostředek ve správním řízení (zpravidla tedy odvolání nebo tzv. rozklad). Teprve poté, neuspěje-li s tímto opravným prostředkem, je jeho žaloba přípustná; musí být podána ve lhůtě zákonem stanovené, zpravidla do dvou měsíců ode dne, kdy mu bylo doručeno zamítavé rozhodnutí o opravném prostředku. Některé zákony však stanoví pro napadení jednotlivých rozhodnutí správních orgánů lhůtu kratší.
Žaloba proti nečinnosti správního orgánu (§ 79 a násl. s. ř. s.) je zcela novým právním institutem. Může ji podat ten, kdo se domáhal u správního orgánu vydání rozhodnutí nebo osvědčení, správní orgán zůstal nečinný a žadatel bezvýsledně vyčerpal prostředky, které mu procesní předpis (zpravidla správní řád) dává pro ochranu před nečinností.
Lhůta pro podání žaloby je jednoroční a běží ode dne, kdy podle zvláštního zákona mělo být rozhodnutí nebo osvědčení vydáno. Vyhoví-li soud žalobě, uloží rozsudkem správnímu orgánu vydat o věci rozhodnutí nebo vydat osvědčení ve lhůtě, kterou mu současně stanoví. Nebude-li lhůta stanovená soudem dodržena, může být taková povinnost vynucována ukládáním pořádkových pokut správnímu orgánu.
Také řízení o žalobách proti nezákonnému zásadu, pokynu nebo donucení správního orgánu (§ 82 a násl. s. ř. s.) je v právním řádu České republiky novinkou. Ochrana proti nezákonným rozhodnutím a ochrana proti nečinnosti je tak doplněna o ochranu před zásady, které nejsou rozhodnutími, ale přesto je jimi poškozena právní sféra žalobce. V praxi může jít o širokou škálu různých zásahů orgánů veřejné správy (např. nezákonný policejní zásah). K tomu, aby správní soudy neposuzovaly náročné právní otázky jen akademicky, bez bezprostředního významu pro ochranu veřejných práv, slouží zákonné omezení: žalobu lze úspěšně podat jen tehdy, pokud zásah dosud trvá nebo trvají aspoň jeho důsledky a nebo hrozí-li jeho opakování. K podání žaloby je stanovena lhůta dvou měsíců od dne, kdy se žalobce o zásahu dozvěděl, nejpozději však do dvou let ode dne, kdy k němu došlo.
Vyhoví-li soud žalobě, zakáže správnímu orgánu, aby v porušování práva pokračoval a přikáže mu, aby obnovil stav, který tu byl před zásahem.
Správní soudy též vykonávají soudní kontrolu ve věcech volebních a věcech místního referenda (§ 88 a násl. s. ř. s.). Česká republika dnes nemá speciální volební soud jako v letech před II. světovou válkou a do současné doby je volební soudnictví do značné míry roztříštěné. Protože jde o otázky veřejnoprávní, byly věci volebního soudnictví svěřeny do pravomoci správních soudů, ačkoliv ve své podstatě o správní soudnictví (soudní kontrolu veřejné správy) nejde. U správních soudů se tak nyní lze domáhat nápravy ve věcech voličských seznamů, ve věcech registračních (odmítnutí kandidátní listiny nebo přihlášky k registraci, škrtnutí kandidáta na kandidátní listině nebo naopak proti registraci kandidátní listiny nebo přihlášky k registraci), dále pak ve věcech neplatnosti voleb a neplatnosti hlasování, a konečně poskytnutí ochrany ve věcech zániku mandátu člena zastupitelstva. Ve věcech místního referenda se potom lze u správních soudů domáhat určení, že návrh na konání místního referenda nemá nedostatky, dále vyhlášení místního referenda, vyslovení neplatnosti rozhodnutí přijatého v místním referendu, a také vyslovení neplatnosti hlasování v místním referendu.
Ve volebních věcech a ve věcech místního referenda se rozhoduje v krátkých, zákonem stanovených lhůtách; věcná příslušnost je svěřena krajským soudům, ovšem o některých otázkách týkajících se voleb do Parlamentu České republiky a Evropského parlamentu rozhoduje přímo Nejvyšší správní soud.
Zvláštní řízení ve věcech politických a politických hnutí (§ 94 a násl. s. ř. s.) upravuje jednak speciální řízení u krajského soudu proti postupu Ministerstva vnitra, pokud toto ministerstvo sdělí žadateli, že návrh na registraci politické strany (nebo registraci změny stanov) má nedostatky, jednak řízení před Nejvyšším správním soudem o tom, že se politická strana (politické hnutí) rozpouští nebo se pozastavuje (či naopak obnovuje) jejich činnost.
Institut opatření obecné povahy zavedl do právního řádu České republiky zákon č. 500/2004 Sb., správní řád, v němž je charakterizováno jako opatření, které není právním předpisem ani rozhodnutím. Opatření obecné povahy je, jinak řečeno, správním aktem s konkrétně určeným předmětem a obecně vymezeným okruhem adresátů. K řízení o zrušení opatření obecné povahy nebo jeho části (§ 101a - § 101d s.ř.s.) je příslušný Nejvyšší správní soud, který při svém rozhodování posuzuje soulad opatření obecné povahy se zákonem, a také to, zda ten, kdo je vydal, postupoval v mezích své působnosti a pravomoci, a zda opatření obecné povahy bylo vydáno zákonem stanoveným způsobem.
Řízení ve věcech porušení povinnosti veřejných funkcionářů zavedl do právního řádu České republiky zákon č. 159/2006 Sb., o střetu zájmů. Návrh na zahájení tohoto řízení může podat příslušný evidenční orgán, pokud na základě zjištěných skutečností dojde k závěru, že existuje důvodné podezření, že veřejný funkcionář porušil povinnosti uložené mu tímto zákonem. Stejně tak může podat takový návrh i ten, kdo má důvodné podezření, že veřejný funkcionář porušil povinnosti uložené mu tímto zákonem.
Nejvyšší správní soud vede také řízení o kompetenčních žalobách (§ 97 a násl. s. ř. s.) Kompetenční spor vzniká buď mezi orgánem státní správy a orgánem samosprávy nebo mezi orgány samosprávy vzájemně (například mezi orgánem obce a orgánem kraje) o to, kdo má v určité věci vydat rozhodnutí. Nejvyššímu správními soudu jsou svěřeny k rozhodování také spory mezi ústředními orgány státní správy navzájem (např. spor o to, kdo má vydat rozhodnutí, vzniklý mezi dvěmi ministerstvy)
Ve správním soudnictví rozhodují soudy v jediném stupni. Proti jejich rozhodnutí není přípustné odvolání ani žádný jiný řádný opravný prostředek. Proti pravomocným rozhodnutím krajských soudů - s výjimkami, které jsou odůvodněny povahou věci (např. věci volební) - je však možno podat mimořádný opravný prostředek - kasační stížnost, o které rozhoduje nejvyšší správní soud.
Protože formulování kasační stížnosti je právně odborně náročné, stanoví zákon, že stěžovatel musí být zastoupen advokátem (neplatí to v případech, kdy právní odbornost stěžovatčle je zajištěna jinak, § 105 odst. 2 s.ř.s.)
Lhůta pro podání kasační stížnosti je krátká - dvoutýdenní. Její zmeškání nelze prominout. Kasační stížnost se podává u toho krajského soudu, který vydal rozhodnutí, proti kterému stížnost směřuje.
Druhým mimořádným opravným prostředkem je obnova řízení (§ 111 s. ř. s.). Je však přípustná jen v řízení o žalobách proti nezákonným zásahům a v řízení ve věcech politických stran, tedy tam kde soud sám zjišťoval skutkový stav věcí).
K podání návrhu je stanovena lhůta tří měsíců od okamžiku, kdy se navrhovat o důvodu obnovy dozvěděl, nejpozději však lze návrh podat do tří let od právní moci původního rozhodnutí.
Jde o mechanismus, který zajistí, aby věci soukromého práva neprojednávaly správní soudy a naopak, aby věci veřejného práva neprojednávaly soudy, které rozhodují věci práva občanského, obchodního, pracovního nebo rodinného.
Základní procesní předpisy, totiž občanský soudní řád (pro soudnictví ve věcech soukromého práva) a soudní řád správní (pro správní soudnictví) umožňují, aby soud, který rozhoduje věci soukromého práva, mohl zastavit řízení, jestliže k němu dojde žaloba, kterou se někdo domáhá zrušení rozhodnutí správního orgánu ve věci veřejnoprávní, resp. aby soud správní mohl odmítnout žalobu, kterou se někdo domáhá přezkoumání rozhodnutí, kterým správní orgán rozhodoval ve věci soukromoprávní. V takových případech ale mají obojí soudy vždy povinnost žalobce současně poučit, na který soud se má správně obrátit; současně je zajištěno, aby žalobce, který se takovým poučením řídí, neztrácel lhůtu, kterou zákon stanoví k podání žaloby. Lhůta mu tedy zůstává zachována, i když se obrátí do nesprávné větve soudnictví.
Úkolem je rozhodování sporů, které vznikají mezi soudy (jakýmikoli) na straně jedné a orgány výkonné moci, územní, zájmové nebo profesní samosprávy na straně druhé (tzv. kompetenční konflikty). Rozhodováním těchto sporů mezi justicí a exekutivou není vhodné pověřovat některý ze soudů stávající soustavy, protože by se rozhodující soud mohl stát "soudcem ve vlastní věci". Bylo proto vhodnější vytvořit speciální orgán, byť soudního typu, který věc samu v žádném případě rozhodovat nebude a musí posoudit jen otázku, zda věc má rozhodnout správní orgán nebo soud.